Según el Departamento de Agricultura de EEUU (USDA), las plagas han desarrollado hasta el momento poca o ninguna resistencia a las proteínas insecticidas de Bacillus thuringiensis (Bt), que se utilizan tanto en los cultivos OMG autoprotegidos contra insectos, como, en pulverización, en la agricultura convencional y, sobre todo, en la llamada agricultura biológica, orgánica o ecológica.

El único insecto en el que se ha detectado hasta ahora resistencia inducida es en la palomilla o rasquiña de las crucíferas (Plutella xylostella), siendo atribuible esta resistencia a los tratamientos por pulverización, ya que no hay plantas OMG de estas especies con la característica Bt.

Una de las causas de no haberse detectado más resistencia a pesar de la amplia difusión de estos cultivos en muchas zonas puede ser la gestión de la aparición de resistencias mediante dejar refugios de plantas no Bt que se recomienda en las zonas donde se da el cultivo de este tipo de variedades.

La aparición de resistencias en las plagas y enfermedades es algo inherente a cualquier método de lucha contra ellas, sea del tipo que sea, y se debe a la propia variabilidad genética de al especie a la que se selecciona por la característica de resistir el método con el que se la combate.