La ingeniería genética aplicada a microorganismos para uso farmacéutico o industrial no está sujeta a las mismas presiones ludistas, trabas y precauciones extremas que la biotecnología de uso agrario y alimentario, razón por la cual su desarrollo es mucho más pujante. El número de 29 de abril de la revista The Economist dedica un artículo titulado Sea of Dreams (Mar de Sueños) a estas aplicaciones.

El artículo muestra como las empresas están buscando en todo el mundo, desde el mar hasta los polos, organismos que hagan algo que tenga aplicación industrial, con el fin de poder conocer los genes y las enzimas implicadas en el proceso y obtener materia prima para sus investigaciones.

Ya existen bacterias OMG que producen vitaminas, aminoácidos esenciales, antibióticos, fármacos etc. Algunas medicinas actuales como la insulina humana que usan los diabéticos procede prácticamente en su totalidad de bacterias transgénicas. El uso de organismos OMG en farmacia es un sector creciente y prometedor para la producción de productos biológicos sofisticados que no se pueden producir de forma económica con métodos convencionales. Sin embargo, el uso de la biotecnología en el sector de la química y la energía puede tener un valor económico aún mucho mayor.

La empresa Metabolic Explorer ha desarollado un método biotecnológico para obtener acrilato, una materia prima para la fabricación de plástico a partir de glucosa. Cargill, que ya fabrica industrialmente bioplásticos a partir del maíz, está desarrollando un método para obtener biológicamente acido 3- hydroxypropionico precursor de otros varios tipos de plástico. Metabolix produce polihidroxialkanoatos y DuPont el bioplástico Sorona. En todos estos casos la materia prima es fundamentalmente el maíz.

Lo mismo sucede con la producción de biocarburantes, y en particular de etanol cuyo desarrollo y eficacia puede ser aumentada enormemente mediante la ingeniería genética de los organismos fermentadores, sobre todo si se consigue obtener el etanol de la paja en lugar del grano. En este sentido, el pasado mes de abril la empresa canadiense Iogen anunció la construcción de la primera planta del mundo que producirá etanol a partir de celulosa