En el año 2001 hubo una fuerte polémica por las penalizaciones de las ayudas de la PAC al maíz en regadío. El MAPA y las Comunidades Autónomas acordaron en la Conferencia Sectorial que se aplicara esta penalización de forma regionalizada, con subsuperficies por cada Comunidad Autónoma, igual que se hace actualmente. Sin embargo, esto no pudo llevarse a cabo por un defecto de forma, ya que el MAPA, comunicó fuera de plazo a Bruselas su decisión de aplicar subsuperficies en lugar de una penalización global para el conjunto del Estado.

La penalización que se aplicó finalmente al maíz en regadío fue del 22,4% para toda España, perjudicando a algunas Comunidades que no hubieran tenido ninguna penalización de aplicarse subsuperficies (Baleares, Canarias, Cantabria, Galicia, Madrid, Murcia, Navarra, País vasco, La Rioja y Valencia), a las que hubieran tenido una penalización menor que la media nacional (Aragón, Castilla-La Mancha y Extremadura), y beneficiando a aquellas cuyo rebasamiento estuvo por encima de la media (Castilla-León y Cataluña). Esta cuestión fue muy polémica en su momento, habiendo incluso manifestaciones de los agricultores afectados.

La cosa sería ahora agua pasada, si no fuera porque el año 2001 es precisamente uno de los años de referencia para el cálculo de las ayudas desacopladas, la «mochila» de la nueva PAC y que este asunto afecta plenamente al importe del Pago Único por Explotación para todos los agricultores que hubieran tenido maíz en regadío en aquel año; perjudicando y beneficiando a partir de la aplicación del desacoplamiento, y para el futuro, a aquellos que fueron perjudicados o beneficiados entonces.