En 2003 se introdujo un método de evaluación de seguridad de los microorganismos usados en alimentación humana y animal y en la producción de aditivos para la alimentación humana y animal. Este método era a través del concepto de Presunción Calificada de Seguridad (QPS, por sus siglas en inglés), que se podría aplicar a un grupo seleccionado de microorganimos. Las futuras solicitudes relacionadas con una cepa de microorganismos incluida en un grupo QPS no precisarían más evaluaciones de seguridad que los requerimientos específicos introducidos como calificación. Los microoroganismos que no fueran adecuados para QPS precisarían una evaluación de seguridad completa.

La Autoridad Europea de Seguridad de los Alimentos de la UE (EFSA) considera que el QPS puede proporcionar un sistema de evaluación genérica que se podría aplicar sin comprometer la seguridad. Además, opinan que su introducción haría más transparente los métodos usados por los paneles de la EFSA. No obstante, para que el estatus de QPS pudiera ser establecido como una herramienta de evaluación de seguridad, dicho estatus tendrían que determinarse por anticipado y de forma independiente.