El Consejos danés de asesoramiento agrario (DAAS) ha denunciando que la manera en la que el gobierno danés aplica la directiva Nitratos le está costando entre 200 a 400 millones de euros a los agricultores de Dinamarca. Desde 1991, la administración danesa estableció un límite máximo de utilización de fertilizantes nitrogenados, con el fin de implementar la directiva, en lugar de optar por una fertilización razonada, en la que se concilia las necesidades de las plantas con los riesgos medioambientales.

Las pérdidas calculadas por el DAAS son en base a la reducción del contenido proteico de los cereales y a la bajada de los rendimientos. La tasa media de proteína del trigo danés ha bajado del 11,5% en 1990 al 8,5% en 2012.

Los cereales producidos en Dinamarca se utilizan fundamentalmente para la alimentación animal, por lo que su bajo contenido en proteínas obliga a importar una gran cantidad de torta de soja de EEUU y Sudamérica

Los productores franceses de trigo denuncian que esta forma de aplicación de la directiva no solo perjudica al agricultor, al que le generan pérdidas sino que además incrementa la dependencia comunitaria de proteína del exterior.