El 1 de diciembre del 2009 entró en vigor el Tratado de Lisboa, que ha modificado los procedimientos para adoptar las normativas comunitarias tanto a nivel de política agraria como política comercial. Ahora los reglamentos base son adoptados por codecision del Consejo y el Parlamento Europeo, salvo las medidas relativas a la fijación de los precios, exacciones, las ayudas y las limitaciones cuantitativas, que las podrá adoptar el Consejo, a propuesta de la Comisión, sin la participación del PE (artículo 43 del Tratado).

Este artículo está teniendo mucho debate. Por un lado, el Parlamento pide que no se ejecute y que siempre tenga derecho de decisión para toda la PAC, mientras que la Comisión ha reiterado que intentará no utilizar esta excepción y que consultará siempre al Parlamento, de acuerdo con un informe elaborado por Cooperativas Agroalimentarias.

Antes de la entrada en vigor del Tratado Lisboa, el Parlamento Europeo solo tenía un papel consultivo sobre la PAC. Actualmente se está en pleno proceso de adaptar todos los Reglamentos de la PAC a dichas reglas, con propuestas que están ya siendo debatidas en el Consejo.

El proceso de Comitología (vía Comités de Gestión) con el que antes se aprobaban las normativas de desarrollo se ha sustituido por dos procedimientos alternativos: actos delegados y actos de implementación o de ejecución. La propuesta solo puede ir por uno de estos procedimientos, nunca por los dos. Estas nuevas normas de Comitología entrarán en vigor el próximo 1 de marzo.

En los actos delegados, el Consejo y el Parlamento pueden delegar en la Comisión los poderes para adoptar actos no legislativos siempre que sean de alcance general y que completen o modifiquen determinados elementos no esenciales de un acto legislativo (el problema es definir qué elemento es esencial y cual no, definición que podría cargar de gran subjetividad la determinación de cuando se trata de un acto delegado).

Los Reglamentos y Directivas del Consejo y Parlamento establecerán qué tema va por acto delegado y cual por acto de ejecución (mientras que hay casos en los que está muy claro que tipo de acto es, en otros la diferenciación es mucho más difusa).

En el acto delegado, la normativa debe delimitar de forma expresa los objetivos, el contenido, el alcance y la duración de la delegación de los poderes de delegación. El Parlamento o el Consejo podrán revocar la delegación de poderes u oponerse a un acto delegado.

En el acto de ejecución, la Comisión gozará de estas competencias cuando se requieran condiciones uniformes de ejecución de los actos jurídicamente vinculantes de la UE. El Comité de Gestión actual se reemplaza por un comité de expertos de los EEMM, pero que tiene similar funcionamiento. Una novedad importante es que desaparece la opción de que el Consejo sea la última instancia decisoria. En el nuevo sistema, el Consejo no adopta ningún acto de ejecución, todos ellos tienen que ser adoptados por la Comisión.