La calidad del agua, la densidad de peces, la dieta y el proceso por lo que los peces son clasificados son los principales factores que afectan al bienestar de los salmones atlánticos, de acuerdo con la opinión del Panel de la Autoridad Europea de Seguridad de los Alimentos (EFSA). Los expertos comunitarios han enumerado una serie de potenciales riesgos de bienestar animal en varios sistemas de producción.

El Panel ha señalado la calidad del agua como esencial para el bienestar de los peces y reconoce varios efectos nocivos en la salud del animal con agua de baja calidad. También considera que la introducción de dietas no marinas puede provocar problemas sanitarios debido a que dichos alimentos no contengan nutrientes esenciales como aminoácidos y ácidos grasos poliinsaturados, aunque existe evidencia que podría reemplazarse parcialmente con harinas de pescado de alta calidad. Para el salmón atlántico, una dieta conteniendo una elevada proporción de harinas y grasas de pescados marinos es de gran importancia para sus requerimientos nutricionales.

El sistema de clasificación es un elemento importante en la gestión de las explotaciones pero debería minimizarse el tiempo en el que los peces están fuera de los tanques o jaulas, para limitar su estrés. La densidad de peces también es un factor importante, pero según el Panel, resulta imposible establecer unos niveles de densidad máximos y mínimos para salvaguardar el bienestar de los peces debido a la interacción de la densidad con otros factores.

Las medidas de control de enfermedades tienen también gran relevancia en el bienestar de los salmones. Las vacunas tienen gran importancia en el control de las enfermedades infecciosas serias si bien tienen riesgos importantes como la disponibilidad limitada de productos veterinarios aprobados para el salmón atlántico.

El Panel recomienda que se realice un constante control del comportamiento, tamaño y salud del animal, así como del medio en el que se encuentra.