Según la Universidad de California de san Francisco (UCSF), el microsporidio Nosema ceranae es la causa más probable del despoblamiento de las colmenas, al haberse detectado la evidencia de la presencia del parásito en abejas de las colmenas con este problema, utilizando microchips genéticos.

Estos resultados son preliminares y aun no se descartan otras causas, como un virus que también se ha detectado con las mismas técnicas

Nosema ceranae es un microsporidio parásito de las abejas, que fue detectado en España por el Centro Apícola de Guadalajara, que también lo encontró en abejas de otros países europeos con el problema, demostrando además su alta patogenicidad. La Agencia Francesa de Seguridad Sanitaria de los Alimentos (AFSSA) también cita en un estudio a Nosema ceranae como la causa principal de la mortalidad de las abejas europeas.