El porcentaje de errores descubierto en las inspecciones para el pago de las primas ganaderas siguen registrando considerables variaciones según los años y según los Estados miembros, de acuerdo con el Informe Anual del Tribunal de Cuentas Europeo sobre la ejecución del presupuesto comunitario de 2003. No todas las solicitudes a primas ganaderas que se presentan cumplen los requisitos o reflejan la realidad de la explotación. Por tanto, es misión de cada país controlar que dichas ayudas lleguen a sus beneficiarios reales, para lo cual aplican el Sistema Integrado de Gestión y Control (SIGC).

Los frecuentes movimientos de animales y los complejos requisitos de los regímenes de primas por animales constituyen, según el Tribunal, dos de las razones por las que los resultados de los controles del SIGC en el sector animal muestran porcentajes de error más elevados que en el sector de cultivos herbáceos. Tanto los resultados de dichos controles como las comprobaciones directas del Tribunal indican que existe un riesgo inherente de exceso en los pagos en este sector.

En el caso de España, los principales errores detectados en las solicitudes han sido una deficiente gestión de la documentación y del registro del ganado por los beneficiarios (este error también ha sido habitual en Grecia Francia, Italia, y Portugal), así como diferencias entre el número de animales presente en la explotación y el registrado por los beneficiarios (error común también en Francia y Portugal).

En 2002, 14 Estados miembros a través del SIGC inspeccionaron el 18,7 % de los animales que solicitaron prima a la vaca nodriza, con el resultado de que el 2,0 % de dichos animales no existía o no era subvencionable. Este porcentaje se ha reducido en relación con 2001, donde llegó a un 6,4%.

De las 539.000 solicitudes a prima a la vaca nodriza presentadas en 2002, un 11,6% fue rechazada parcial o totalmente tras ser inspeccionada. Italia y Francia fueron los países con más solicitudes rechazadas, con un 20,6 y 17,7 %, respectivamente. La principal diferencia fue que en Italia el grueso de las solicitudes fueron totalmente rechazadas, mientras que en Francia solo parcialmente. En el caso de España se presentaron 66.156 solicitudes y se inspeccionaron un 15%. Un 7,7% fueron rechazadas parcialmente y un 0,7% rechazadas totalmente.

En la prima especial por carne de vacuno, el porcentaje de animales inexistentes o rechazados fue de un 3,8 %, en 2002; en la prima por extensificación, de un 1,5 % y en las primas por animales ovinos, de un 5,6 %.

El SIGC engloba una base de datos informática donde constan las explotaciones y solicitudes de ayuda, diversos sistemas destinados a identificar parcelas de terreno agrícola e identificar y registrar animales y, por último, un sistema integrado de controles administrativos e inspecciones sobre el terreno.