Una vez iniciada la emergencia de las plántulas de remolacha, suelen aparecer paralelamente algunas plagas que las parasitan. Éstas pueden llegar a poner en peligro la normal instalación del cultivo en el terreno si su presencia supera los umbrales de daño establecidos para cada una de ellas.

Por lo tanto, como aconseja la Red de Alerta e Información Fitosanitaria de Andalucía (RAIF) recomienda realizar muestreos periódicos (al menos una vez por semana) con el objetivo de cuantificar la población de cada agente fitoparásito y actuar en consecuencia.

Las plagas más frecuentes suelen ser Caracoles y Babosas, especialmente en otoños muy lluviosos; Pájaros; Roedores (Liebres y conejos); Gusanos grises (Agrotis sp. y otros); Gusanos de alambre (Agriotes sp.); Mosca (Pegomyia Betae); Cleonus (Temnorhinus mendicus) y Noctuidos (Spodoptera spp.).

Sin embargo, de forma excepcional, se pueden encontrar también parasitando al cultivo plagas como Maripaca (Aubeonymus mariaefranciscae), Colémbolos o Cochinillas de la humedad.

Dentro de las enfermedades que afectan a las plántulas de este cultivo nos podemos encontrar el Mal del pie o Pie negro (Aphanomyces, Pythium, Phoma y otros) o la Cercospora (Cercospora beticola), especialmente en años con otoños muy húmedos.