La Federación Europea de Consultoría Agraria (European Federation of Agricultural Consultancy; EFAC), una red independiente de organizaciones privadas de Reino Unido, Dinamarca, Francia, Alemania, Suecia y Holanda) ha elaborado un estudio sobre la fiscalidad que se aplica al Pago Único en los diferentes Estados Miembros.
La conclusión es que el tratamiento fiscal de los derechos es muy diferente según el país que se trate, sin que exista ningún proyecto de armonización.
Algunas cuestiones sobre las que existen diferentes tratamientos son en cuanto a la aplicación del IVA o de los impuestos de sucesiones en las transferencias o en cuanto a la amortización fiscal de los mismos. La única cuestión en la que existe armonización a nivel europeo es en que los pagos anuales derivados de los derechos estén exentos de IVA.
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