Al hacer balance de la ejecución del fondo FEADER, la Comisión ha recordado que los Programas que no arranquen en los dos años posteriores al pago del primer anticipo deberán devolverlo. En peligro de caer en esta situación se encuentran solo cuatro Programas, de los que dos son españoles. Se trata de los PDR 2014-2020 de Canarias y Madrid, que todavía no han declarado ningún gasto a la Comisión Europea, aunque aún disponen de unos meses para evitar la devolución.

En promedio, la ejecución de los programas españoles es bastante baja, ya que los pagos declarados hasta finales de 2016 solo suponen un 4,7% del total de fondos programados. Este porcentaje es la mitad de la media comunitaria, que alcanza ya un 10,2%. Solo Malta queda por detrás de España en ejecución del FEADER. Una parte del retraso se explica por el solapamiento con los pagos finales de los PDR del período anterior 2007-2013, pero esta no es la única causa, ya que las diferencias entre CC.AA. son muy grandes, con algunas regiones que llevan un buen ritmo de gasto y otras que todavía no han arrancado.